Za obavljanje poslova iz okvira djelatnosti Arhiva, shodno članu 44. Pravilnika Arhiva, organiziraju se sljedeće organizacijske jedinice:
1. Odsjek za opće, pravne i finansijske poslove i zaštitu arhivske građe izvan Arhiva
a) Služba za opće i finansijske poslove
- obavlja opće, pravne, radno-pravne i administrativne poslove,
- prati i proučava propise od značaja za poslovanje Arhiva,
- brine se za pripremu i usklađivanje normativnih akata te izvršenje ugovorenih obaveza,
- obavlja poslove u vezi s nabavkom robe, radova i usluga za potrebe redovnog poslovanja Arhiva.
b) Služba za stručni nadzor i zaštitu arhivske i registraturne građe u registraturama
- obavlja poslove stručnog nadzora,
- pruža stručnu pomoć imaocima arhivske građe,
- vodi evidencije o arhivskoj građi izvan Arhiva.
2. Odsjek za zaštitu arhivske građe u Arhivu i naučno-istraživačku, bibliotečku, izdavačku i kulturno-obrazovnu djelatnost
a) Služba za obradu i zaštitu arhivske građe u Arhivu
- obavlja poslove depoa i tehničko-tehnološke zaštite arhivske građe,
- sređuje i obrađuje arhivsku građu pohranjenu u Arhivu u skladu s temeljnim načelima arhivske struke,
- sastavlja i objavljuje obavijesna pomagala za fondove i zbirke u Arhivu,
- provodi mjere zaštite arhivske građe i brine za njezinu sigurnost.
b) Služba za naučno-istraživačku, bibliotečku, izdavačku i kulturno-obrazovnu djelatnost
- istražuje arhivske fondove radi izrade naučnih radova, publikacija i izložbi,
- popularizira arhivsku građu kroz organizaciju izložbi, predavanja i prezentacija,
- pruža stručnu pomoć istraživačima i korisnicima Arhiva.